Зерно, собранное при уборке урожая, как правило, не бывает пригодным для хранения без проведения специальных защитных мероприятий. На сохранность зерна отрицательно влияет наличие зерновой и сорной примесей, показатели влажности зерна и высокие температурные условия складских помещений. Зерновая примесь, обычно представлена некачественными зернами данной культуры (зерна пшеницы битые и изъеденные вредителями, независимо от характера и размера повреждений), несозревшими (зеленые, щуплые), проросшими (с вышедшим наружу ростком или корешком), а также целыми и/или поврежденными зернами других сельскохозяйственных культур. В состав сорной примеси входят семена сорных растений (семена горчака розового, плевела опьяняющего и др.), минеральная (почва, песок, пыль и т. д.) и органическая (части стеблей, листьев, стержней колоса, остей и т. п.) примеси, склероции спорыньи, телиоспоры головни и прочее. Быстрой предварительной очисткой зерна можно предотвратить опасное для сохранения качества повышение влажности зерна. Кроме этого, живой сор может увеличивать сопротивление потока при вентиляции и сушке на 40% и этим повышать затраты на энергию.
Очень часто влажность зерна после уборки бывает выше допустимых для хранения значений (14%), поскольку при складывающихся хозяйственных или иных условиях уборку приходится проводить и при влажности зерна до 18%. Однако, только при влажности зерна 14% снижается его жизненная активность настолько, что хранение возможно в течение длительного промежутка времени. Содержание влаги в зерна после созревания находится, в основном, в его семенной и плодовой оболочке, что повышает интенсивность дыхания и активность микрофлоры на поверхности зерна, особенно когда его температура выше 15 °С. В таких случаях, во-первых, происходит потеря сухой массы зерна, а, во-вторых, отрицательное действие на хранение зерна оказывает связанное с дыханием повышение влажности, изменение температуры и содержания С02 в насыпи, в верхнем слое которой образуется конденсационная вода, размножаются микроорганизмы, в частности, плесневые грибы, что способствует прорастанию зерна.
В период уборки многообразная микрофлора находится на зернах, а при дождливой летней погоде ее накопление резко возрастает, особенно патогенов из рода Ризапит, что может вызвать ухудшение качества зерна и образование микотоксинов. Их развитие зависит от относительной влажности воздуха в насыпи зерна и от температурных условий. При относительной влажности воздуха ниже 65% и температурах меньше 20 °С микроорганизмы не могут успешно развиваться, за счет чего обеспечивается микробиологическая стабильность в насыпи зерна.